Powstanie styczniowe spowodowało szybki upadek Ustawy z roku 1862 oraz likwidację autonomii szkolnej Królestwa .W lipcu 1863r Aleksander Wielopolski, oskarżony przez własne społeczeństwo i pozbawiony poparcia władz petersburskich , otrzymał urlop ze stanowiska naczelnika zarządu cywilnego Królestwa i wyjechał z kraju. Funkcję dyrektora KR WRiOP objął Mikołaj Apuchitin.
Jednocześnie władze petersburskie powierzyły Mikołajowi Milutinowi, głównemu autorowi rozkazów uwłaszczeniowych w cesarstwie, opracowanie projektu zmian w organizacji oświaty w Królestwie Polskim. W memoriale do cara Milutin zalecał ścisłe podporządkowanie szkolnictwa w Królestwie władzom centralnym w Petersburgu, stworzenie odrębnego szkolnictwa dla mniejszości narodowych , w ich rodowitym języku , a przede wszystkim stworzenie państwowych szkół dla dziewcząt oraz pozbawienie szlachty i duchowieństwa wpływu na sprawy szkolne. Szczególne znaczenie w nowej polityce wobec Królestwa Milutin przywiązywał do sprawy szkolnictwa elementarnego na wsi. Szkolnictwo to wiązać z ogólną reformą uwłaszczeniową i upowszechniać wśród chłopów przekonanie, że jest ono wyrazem troski władz carskich o sprawy ludu. Oświata ludowa miała być zamierzeniu Milutina skuteczniejszą droga wiązania mas ludowych z państwem rosyjskim. Administrację oświaty w Królestwie zalecał połączyć z administracją w Cesarstwie, a na czele władz oświatowych stawiać Rosjan. Zalecenia Milutina uzyskały akceptację władz w Petersburgu i zostały podpisane w 1864r w Jugenheimie.
Likwidacji uległa Komisja Rządowa WRiOP , a jej miejsce zajął Warszawski Okręg Naukowy ,bezpośrednio podlegający ministrowi w Petersburgu. Ustanowiono dyrekcje naukowe obsadzając stanowiska naczelników dyrekcji wyłącznie Rosjanami.
Szkoły elementarne na wsi, nazywane odtąd początkowymi , poddano pod bezpośredni zarząd w gminach , rad gminnych i wójtów, we wsiach rad wojskowych i sołtysów. Odwołano dotychczasowych opiekunów szkól, którzy rekrutowali się spośród szlachty i duchowieństwa. Na podstawie ustawy z roku 1864 nauczanie w szkołach Królestwa miało się odbywać w języku rodowitym mieszkańców. Zasada ta obowiązywała do roku 1872. Od roku 1873 językiem nauczania stał się język rosyjski. Język polski był jedynie przedmiotem nadprogramowym, choć ustawowo dopiero od roku 1885 język rosyjski obowiązywał jako język nauczania. Zapowiedzią pełnej rusyfikacji były specjalne podręczniki dla szkół elementarnych, do nauki religii, rachunków i elementarze drukowane alfabetem rosyjskim. Nad nauczycielstwem szkół ludowych roztoczono ścisły nadzór policyjny. Wobec małej liczby kandydatów na stanowiska nauczycielskie powoływano synów rosyjskich funkcjonariuszy , strażników, policjantów. Przygotowywanie nauczycieli odbywało się w seminariach .Do seminariów przyjmowano synów chłopskich , kandydaci poza tej klasy musieli posiadać specjalne pozwolenie władz szkolnych. Program nauczania był bardzo wąski zasadzie ograniczał się do materiału, który nauczyciel miał przekazywać uczniom oraz metodyki nauczania.
W latach 1870-1880 jedna szkoła w Królestwie przypadała na 2000 mieszkańców co powodowało ogromne zjawisko analfabetyzmu.
Zupełnej przebudowie uległo również szkolnictwo średnie , którego organizację i programy szybko zunifikowano ze szkolnictwem w Cesarstwie. Szkoły srednie dzieliły się na 7 letnie , od roku 1872 8 letnie gimnazja oraz progimnazja , najpierw 4 letnie , klasyczne lub realne, następnie 4 lub 6 letnie progimnazja typu klasycznego oraz 6 letnie , póżniej7 letnie , szkoły realne. Programy szkolnictwa średniego były przestarzałe i zupełnie nie odpowiadały potrzebom kraju. W szkołach prywatnych obowiązywał ten sam program , co w szkołach rządowych , językiem nauczania był język rosyjski, jednak funkcję dyrektorów szkół oraz nauczycieli pełnili przeważnie Polacy , z wyjątkiem nauczycieli historii Rosji, języka i literatury rosyjskiej. Młodzież szkół prywatnych chcąc studiować na uczelniach wyższych, zdawała egzaminy końcowe do wyższych klas szkół średnich lub też w trybie eksternistycznym. Szczególnie bujny był rozwój szkół i prywatnych pensji żeńskich, w których zazwyczaj oprócz realizowania programu oficjalnego tajnie nauczano zakazanych przedmiotów historii i geografii Polski oraz literatury polskiej. Okólnik ministra oświaty z 1887 roku zabronił przyjmowania do gimnazjum dzieci proletariackich, odcinając im możliwość kształcenia się na poziomie średnim. W drugiej połowie XIX wieku znacznie rozwinęły się w Królestwie szkoły handlowe, które mogły być zakładane przez osoby prywatne , władze miejskie, lub odpowiednie zrzeszenia. Szkoły handlowe cieszyły się dużym zainteresowaniem. Szybkiej industrializacji Królestwa towarzyszył rozwój szkół zawodowych, kształcących kwalifikowanych pracowników dla przemysłu. Powstały też szkoły zawodowe na wyższym poziomie takie jak Szkoła techniczna Wawelberga i Rotwanda w Warszawie oraz Szkoła Górnicza. Wraz z przekształceniem Szkoły Głównej w Warszawie w rosyjski uniwersytet
nastąpił najciemniejszy okres w szkolnictwie polskim.
