Mozart zmarł w wieku 35 lat w nocy z 4 na 5 grudnia 1791 r. po krótkiej, ale gwałtownej i ciężkiej chorobie. Pochowany został na jednym z wiedeńskich cmentarzy w zbiorowym grobie dla ubogich. W jakiś czas po jego śmierci powstała legenda, według której jeden z grabarzy – znający dokonania zmarłego – wykradł potajemnie jego czaszkę, która w 1902 r. w niezbyt jasnych okolicznościach i w niekompletnym stanie (brak dolnej szczęki) trafiła do fundacji mozartowskiej. Przyczyny przedwczesnej śmierci Mozarta od ponad 200 lat są przedmiotem domysłów, sporów i fantastycznych niekiedy hipotez. Najbardziej znana jest oczywiście wersja, według której Mozart zmarł w wyniku otrucia, którego sprawcą był jego największy rywal w Wiedniu – włoski kompozytor Antonio Salieri (wersję tą spopularyzował film Milosa Formana „Amadeusz”). Takie przypuszczenia wysunęła wdowa po Mozarcie – Konstancja z d. Weber, której z kolei o podobnych obawach mówił sam Mozart. Ale – według wszelkiego prawdopodobieństwa – jest to tylko działająca na wyobraźnię legenda. Na to, że Salieri otruł Mozarta w rzeczywistości bowiem nie ma żadnych dowodów. Podobnie, jak wokół śmierci, legendy narosły także wokół pogrzebu Mozarta. Wspomniany już film Milosa Formana „Amadeusz” utrwalił w świadomości milionów ludzi przejmujący obraz: wyruszający z wiedeńskiej Katedry św. Stefana kondukt wykrusza się stopniowo z powodu fatalnej pogody, a na cmentarz docierają tylko sami grabarze, którzy pośpiesznie wrzucają trumnę z ciałem Mozarta do grobu i posypują ją niegaszonym wapnem. W rzeczywistości jednak, przedstawiona w tym filmie wersja wydarzeń tylko w części mogła być prawdziwa. Faktycznie, w końcowej części pogrzebu Mozarta brali udział wyłącznie grabarze – reszta odprowadzających go na miejsce wiecznego spoczynku ludzi musiała pozostać przed bramą cmentarza, co wynikało zarządzenia cesarskiego, mającego na celu niedopuszczanie do rozprzestrzenienia się zarazy. Rzekoma zła pogoda nie miała tu jednak nic do rzeczy. Jak wynika bowiem z dawnych zapisków meteorologicznych, dzień 6 grudnia 1791 r., w którym odbywał się pogrzeb Mozarta, był słoneczny. Skąd więc wzięła się opowieść o fatalnej pogodzie w dniu jego pogrzebu – tak złej, że z jej powodu ludzie nie doszli na cmentarz? Nie wiadomo. Może Mozart został pochowany już 5 grudnia, kiedy pogoda była faktycznie fatalna? A może... samorzutnie - jak to legendy o geniuszach.
