Coraz częściej sięga się do rezerw w postaci wód gruntowych. Wody gruntowe to te, do których sięgamy kopiąc studnię. Warstwy wodonośne należą do głównych magazynów wody słodkiej na naszej planecie. Jednak i one się wyczerpują. W raporcie Funduszu Narodów Zjednoczonych Pomocy Dzieciom zatytułowanym Groundwater: The Invisible and Endangered Resource ( Wody gruntowe: niewidzialne i zagrożone zasoby) oceniono, że z tych rezerw pochodzi połowa wody używanej w gospodarstwach domowych i do nawadniania pól uprawnych. Ponieważ woda gruntowa jest zazwyczaj mniej zanieczyszczona niż powierzchniowa, stanowi główne źródło wody pitnej zarówno w miastach, jak i na wsiach. Gdyby z tych zasobów korzystano z umiarem, pozostawałyby na stałym poziomie, ponieważ regularnie się odnawiają dzięki opadom deszczu, który powoli przesiąka do tych podziemnych zbiorników. Jednakże do dziesiątków lat eksploatacja wody przewyższa jej naturalne uzupełnienie.W rezultacie poziom wód gruntowych coraz bardziej się obniża, aż w końcu nie jest już możliwe lub nie opłaca się tak głęboko po nią sięgać. Problemy wynikające z uszczuplenia zasobów wód gruntowych pogłębiają się jeszcze wskutek ich skażenia. Nawozy używane w rolnictwie, ludzkie i zwierzęce odchody oraz chemiczne odpady przemysłowe przenikają do wód gruntowych. W raporcie opublikowanym przez Światową Organizację Metereologiczną stwierdzono:
"Kiedy skazi się warstwę wodonośną, naprawianie sytuacji może wymagać czasu i być kosztowne, a nawet niemożliwe. Powolne przenikanie zanieczyszczeń nazwano chemiczną bombą zegarową. Zagraża ona całej ludzkości"
W dodatku, jak na ironię, woda wypompowywana z jej podziemnych rezerwuarów może niszczyć glebę, którą miała nawadniać. Większość takich ziem w pustynnych i półpustynnych rejonach świata już uległa zasoleniu.
