Znaczenie pierwotniaków w przyrodzie:
-stanowią ważny składnik planktonu, który jest głównym pokarmem zwierząt wodnych
-w glebie biorą udział w rozkładzie materii organicznej, przyczyniając sie do obiegu materii w przyrodzie
-współżyją z innymi organizmami dając im korzyści, będąc dla nich obojętnymi lub tez szkodząc gospodarzom np. wiciowce zamieszkujące jelita termitów; żyją w symbiozie z prokariontami rozkładającymi niestrawna dla zwierząt celulozę. inny przykład współżycia: orzeski zamieszkujące przedżołądki u przeżuwaczy, jelita ślepe roślinożerców i jelita niektórych zwierząt wszystkożernych (orzeski żywią sie bakteriami, które rozkładają celulozę w układzie pokarmowym zwierząt, i tym samym same stanowią spora masę pokarmowa. Inne pierwotniaki żyją w symbiozie z glonami, które zamieszkują wnętrze ich komórek, dostarczając w zamian fotosyntetyzowanych substancji odżywczych.
-wśród pierwotniaków występują gatunki pasożytnicze, które atakując przewód pokarmowy, skore lub inne organy, wywierają negatywny wpływ na kondycje zwierząt, w efekcie zaś na ich liczebność
-pancerzyki otwornic i radiolarii tworzą na dnie zbiorników wodnych grube pokłady kredy i skal krzemionkowych
-powodują wiele groźnych chorób człowieka:
* (rzęsistek pochwowy); powoduje stany zapalnie układu rozrodczego i moczowego
* zarodziec malarii- wywołuje malarie
* (pełzak czerwonki); drąży otwory w jelicie grubym powodując krwawe biegunki i osłabienie
