Pełne „zaistnienie” Bułhakowa w odbiorze czytelniczym miało miejsce dopiero w 26 lat od chwili jego śmierci w 1940 roku. Według profesora Drawicza, powieść ta to „dzieło zemsty” autora za zniewolenie zewnętrzne okresu stalinowskiego.
W utworzy można wyróżnić trzy kluczowe ciągi narracyjne:
1. Pierwszy obszar świata przedstawionego to satyryczno – groteskowy obraz rzeczywistości radzieckiej lat 30. (wątek moskiewski) – wynaturzenia systemu totalitarnego, który całkowicie podporządkował sobie człowieka. Zasady i mechanizmy kierujące ludzkimi czynami to: strach, wiernopoddańczy konformizm, tchórzostwo, donosicielstwo. Uwaga autora skupiona jest na mechanizmach rządzących strefą kultury, czego przykładami mogą być: dramatyczna historia życia i powieści Mistrza zniszczona za sprawą „wiernych partii” krytyków literackich, Dom Gribojedowa, zarząd Masolitu, wszechobecna i paraliżująca obecność Pewnej Instytucji Śledczej (NKWD!), klinika psychiatryczna dr. Strawińskiego i obóz na Sołówce dla „niewygodnych” i „nieposłusznych”.
2. Wątek szatański – w groteskową rzeczywistość Moskwy autor wprowadza szatana (Woland) i całą świtę jego rozpasanych, złośliwych diabłów (Korowiow, Asasello, Hella i kocur Behemot). Zadomowieni w mieści na kilka dni i nocy wkraczają w życie postaci realnych, co w konsekwencji powoduje komiczne lub tragikomiczne spięcia. W tradycyjny sposób pojmowany szatan był uosobieniem zła. Inaczej jest u Bułhakowa: Woland i jego diabelska świta zostają wprowadzeni w świat ludzki po to, aby zdemaskować zło i wymierzyć sprawiedliwą karę. Stają się wiec rzecznikami i obrońcami wartości pozytywnych: prawdy, piękna, sprawiedliwości, dobra. Przykłady diabelskich ingerencji to: przywrócenie przez Wolanda do istnienia spalonego rękopisu Mistrza, otwarcie magazynu dla pań w czasie występu diabłów w Variete’s, ukaranie perfidnego donosiciela – barona Meigla, spalenie domu Gribojedowa. Wprowadzenie „wątku diabelskiego” staje się u Bułhakowa pretekstem do filozoficznych rozważań na temat dobra i zła. Tradycyjne pojęcie zła traci w powieści swój sens, staje się swoistą odmianą dobra. Taką interpretację sugerują też słowa motta utworu z „Fausta” Goethego oraz rozmowa Wolanda z Mateuszem Lewitą. Według Bułhakowa zło jest środkiem, przy pomocy którego manifestuje się dobro: to Woland przywraca spokój Mistrzowi. Żaden z „szajki Korowiowa” nie kusi do zła – oni tylko stają się jego „wywoływaczami”. Zło nie tkwi w naturze człowieka, tylko w systemie, który sobie tego człowieka podporządkował.
3. Trzecia linia narracyjna to ważny epizod z życia Piłata wydającego wyrok na niewinnego Jeszuę Ha – Nocri. W tym wątku podejmuje autor istotną problematykę egzystencjalną. Historia Piłata (podobnie zresztą jak losy Mistrza) w sposób paraboliczny, metaforyczny ilustruje los człowieka uwikłanego w dramat wybory między złem a dobrem. Piłat uczynił zło – mimo tego dostąpi łaski odkupienia – jego niezbędne warunki to: świadomość grzechu i oczyszczenie moralne poprzez cierpienie. „Męka sumienia” Piłata sprawi, że wina zostanie mu wybaczona, dostąpi łaski spotkania z Jeszuą. Podobnie jak Mistrz – ten, który początkowo sprzeniewierzył się sztuce i misji pisarza – dostanie swój, spalony uprzednio rękopis i zasłuży na zbawienny spokój. Inaczej z Judą z Kiratu, który nie zazna spokoju, bo nie stać go było na refleksję po akcie zdrady. U Bułhakowa przebaczenie i spokój są równoznaczne z kresem życia ziemskiego. Uzyskuje się je w porządku wieczności – takiej łaski doznaje po śmierci Mistrz.
W systemie etycznym Bułhakowa tchórzostwo to najgorsza słabość i „skaza’ człowieka. Człowiek tchórzliwy najczęściej wybiera to, co jest dla niego bezpieczne „tu i teraz”, tchórząc zdradza samego siebie w imię czegoś, co jest poza nim, co jest mu obce i dalekie.
